【次世代基因定序】檢驗過所有基因，病情就明朗了嗎？

5月 29, 2024

【2024/05/29 大北門新聞網/攝影記者：林書齊/記者：黃美香/台南報導】

57歲的王先生，於2020年因為手腳麻痛、走路不穩，到成大醫院神經科門診就診。王先生的爸爸、姊姊，都在差不多年紀產生相同症狀，幾年內持續惡化至走路就會喘，後續因心衰竭過世。王先生的神經傳導檢查顯示有周邊神經病變，而常見的周邊神經病變原因，包括糖尿病、維他命B12缺乏、自體免疫疾病等，檢驗起來都沒有。於是，醫師和討論王先生進行「全外顯子定序」次世代基因定序檢查。王先生想知道，遺傳疾病驗了就一定有答案嗎？

什麼是次世代基因定序？

成大醫院神經部暨基因醫學部林伯昱醫師說明，傳統的初代基因定序一次只能定出一個片段的DNA序列，相較之下，次世代基因定序是將DNA分子分割成很多片段，然後同時進行很多個片段的定序，產生大量的基因片段序列數據，再由電腦計算進行組合，產生完整的基因序列。次世代基因定序的好處，是一次可以看很多的基因，而缺點則是定序的錯誤率比初代定序要高，因此次世代定序的檢驗結果，需要用初代定序再次確認，才不會造成臨床誤判。

什麼是全外顯子定序？診斷力大概有多少？

林伯昱醫師表示，在DNA中，會被用來當成蛋白質製作藍圖的部分，叫做「外顯子」，使用次世代基因定序，把所有外顯子的DNA序列定出來，這樣的方法就叫做「全外顯子定序」。用全外顯子定序來檢查神經科的遺傳疾病，診斷率根據疾病種類不同，大多約三成到五成左右，仍有大半的病患無法得到答案。無法確定診斷的原因很多，包括：遺傳變異是DNA結構性變異，而不是全外顯子定序容易看到的序列變異；遺傳疾病是多個基因變異的累積，因此平常針對單一基因疾病的檢驗流程就找不到答案；或是遺傳變異在DNA的其他地方，不在外顯子的範圍，所以無法以全外顯子定序來偵測。而針對最後這個原因，即使進行全基因體定序，驗完所有DNA，診斷率大約只比全外顯子定序多10%左右。

王先生的全外顯子定序檢驗結果出爐後，再經過初代定序驗證，發現帶有TTR c.194C>T (p.A65V)基因變異，這是「家族性澱粉樣多發性神經病變」的相關基因。由於這個變異點位是新的，沒有被發現過，無法完全確定是這個變異造成疾病，醫師透過神經切片檢查，驗證王先生的神經確實有類澱粉沉積，才確認此TTR c.194C>T (p.A65V)基因變異造成了疾病。王先生接受家族性澱粉樣多發性神經病變的針對性治療，後續病情維持穩定。

為什麼明明有檢驗結果了，醫師卻仍然不確定呢？

每個人的DNA裡面，總共約有三百萬個基因變異，並不是所有基因變異都會造成疾病，因此，當發現一個沒有被報告過的基因變異時，需要進一步驗證變異點位是否為導致疾病的真正原因。驗證的方法很多，包括切片檢查、病患和家屬都做基因檢測等，各種方式證據強度不同，也可能需要以多種方式驗證，才足夠證明基因變異的致病力。而要採用什麼方法，需要臨床醫師整體評估才能判斷。